一、與細菌性腹瀉鑑別 細菌性腹瀉一般由非O-I群弧菌和產生腸毒素的大腸桿菌(ETEC)引起,前者多數病人的腹瀉伴劇烈腹痛和發熱,1/4的病人糞便呈血性,大腸桿菌引起的腹瀉一般病程較短,兩者與霍亂的鑑別有賴於病原學檢查。
二、霍亂應與各種細菌性食物中毒相鑑別,如金黃色葡萄球菌,變形桿菌,蠟樣芽胞桿菌及副溶血如金黃色葡萄球菌,變形桿菌,蠟樣芽胞桿菌及副溶血弧菌引起者,各種食物中毒起病急,同食者常集體發病,常先吐後瀉,排便前有陣發性腹痛,糞便常為黃色水樣,偶帶膿血。
三、如果部分的糞便呈洗肉水樣或痢疾樣,則需與細菌性痢疾鑑別,後者多伴腹痛和裡急後重,糞便量少,呈膿血樣。
四、與急性砷中毒相鑑別,急性砷中毒以急性胃腸炎為主要表現,糞便為黃色或灰白水樣,常帶血,嚴重者尿量減少,甚至尿閉及迴圈衰竭等,檢查糞便或嘔吐物砷含量可明確診斷。