需與細菌性感染相鑑別。
細菌引起的感染。包括醫院外感染和醫院內感染。引起醫院外感染最常見的細菌為革蘭氏陽性菌如金黃色葡萄球菌、肺炎鏈球菌、化膿性鏈球菌和革蘭氏陰性的如大腸桿菌、流感嗜血桿菌等;引起醫院內感染的則多為有耐藥性的金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、腸球菌、克雷伯氏桿菌、產氣桿菌和綠膿桿菌等。偶有難治的不動菌屬引起的感染。院外感染的細菌對抗生素敏感,故院外感染容易控制,而院內感染則較難治。
毛滴蟲病常透過共同浴盆、浴池、毛巾、游泳池、不潔器械互相傳播,也可透過性接觸而感染。自覺不同程度瘙癢,少數有灼熱感,常引起尿道炎,可致膀胱炎、前庭大腺炎,在男性引起尿道炎和前列腺炎。