昭巫建中
肝癌是常見原因
肝癌是常見的造成甲胎蛋白偏高的原因之一，但當肝細胞發生癌變時約有80%的肝癌患者血清中甲胎蛋白會升高，目前多以400μg/L為標準，一旦超過此數值應該考慮肝癌的可能性，甲胎蛋白一般在肝癌出現症狀之前的8個月就已經升高，所以肝硬化、慢性肝炎病人、家族中有肝癌患者的人應該根據自己的情況做定期的檢查。
妊娠期婦女生理性偏高
妊娠婦女會出現甲胎蛋白的一時性升高，因為甲胎蛋白是胎兒的正常血漿蛋白成分，是胚胎早期的主要蛋白質，妊娠期婦女甲胎蛋白是會明顯升高，一般在妊娠後3個月，甲胎蛋白就明顯升高，到7-8月孕婦母血中甲胎蛋白量達到最高峰並相對穩定，但其仍舊低於400μg/L，一般會在產後3周後逐漸恢復正常水平。
胎兒畸形發育
畸形胎兒等甲胎蛋白可出現升高，如無腦兒和脊椎裂胎兒畸形時，因甲胎蛋白可漏入羊水，故母血或羊水中甲胎蛋白明顯增高，具有診斷意義，並可作為終止妊娠的指證。
新生兒肝炎
新生兒肝炎，30%新生兒肝炎可測出甲胎蛋白，發生率隨病情的嚴重度而增加，大多明顯增高。
其他肝臟疾病
病毒性肝炎，慢性肝炎活動期甲胎蛋白有輕度、中度升高，一般在50-300ug/L，與肝細胞癌症不同點為升高幅度低，一般不持續增高，經治療後降低以至恢復。此外甲胎蛋白偏高還可能與急、慢性肝炎，重症肝炎恢復期，肝硬化，先天性膽管閉塞、肝損傷、充血性肝腫大等肝膽疾病有關。
腫瘤
甲胎蛋白偏高可能與生殖細胞腫瘤有關，據資料顯示大約50%患有生殖細胞腫瘤的病人其甲胎蛋白(AFP)呈陽性；一些其它腸胃管腫瘤如胰腺癌或肺癌及肝硬化等患者亦可出現不同程度的甲胎蛋白偏高；另外，若甲胎蛋白大於25μg/L的男性患者還要考慮睪丸癌的可能。此外其他消化系腫瘤無肝轉移時大多數為陰性，僅個別胃、胰、大腸癌病例甲胎蛋白可為陽性。
其他疾病因素
如共濟失調、毛細血管擴張症、先天性酪氨酸病，睪丸或卵巢胚胎性腫瘤（如精原細胞瘤、惡性畸胎瘤、卵巢瘤等）也常有甲胎蛋白增高的現象。
