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二者植物來源不同
白附子：為天南星科植物獨角蓮的乾燥塊莖，主產於河南、甘肅、湖北等地。
黑附子：為毛莨科植物烏頭的子根的加工品，主產於四川等地。黑附子又習慣稱為“附子”。
二者藥用成分不同
白附子主要成分：主要含粘液質、草酸鈣、蔗糖、皂計、谷出醇、谷巋醇—D—葡萄糖昔、肌醇以及膽鹼、尿嘧啶等。
黑附子主要陳飛：附子成分類似於川烏，主要含有多種生物鹼，有烏頭鹼、異烏頭鹼、次烏頭鹼、中烏頭鹼、川烏頭鹼、川烏鹼、附子靈、北烏鹼等。
二者功效作用不同
白附子辛、溫，有毒，歸胃、肝二經，具有祛風痰、定驚搐、止痛、解毒散結的功效。
黑附子辛、甘、大熱，有毒。歸心、腎、脾經，具有回陽救逆，補火助陽，散寒止痛的功效。
二者毒性作用不同
白附子全株均有毒，又以塊莖的毒件最大，皂昔為其主要毒性成分。生品的中毒量為1.5g-4.5g/d。白附子對面板粘膜有強烈的刺激性，對中樞神經系統有抑制、麻痺作用。中毒後可表現為口舌發麻，四肢及全身緊束感，全身大汗，口渴舌幹，心慌，躁動不安，後可出現詣語，嘔吐，腹瀉，額面青紫，終至呼吸、迴圈衰竭而死亡。
黑附子的毒性反應主要由烏頭鹼類生物鹼所引起，烏頭鹼的致死量為3-4mg，成人口服烏頭鹼0.2mg即可出現中毒反應。黑附子中毒事件較為常見，附子中毒主要表現為神經系統、消化系統、心血管系統的毒性反應，嚴重者可致人死亡。
二者使用禁忌不同
白附子：陰虛血虛動風或者熱盛動風者不宜使用，孕婦禁止使用，白附子生品不宜內服。
黑附子：孕婦禁止使用，黑附子不能和半夏、瓜蔞、貝母、白蘞。白芨等同時使用。黑附子內服需要透過炮製加工降低毒性方可使用。
