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發病部位不同
皰疹性咽峽炎
皰疹性咽峽炎感染後，起病快，主要表現為：高熱、咽痛、流涎、厭食、並常有頸、腹和四肢疼痛，嚴重者還會嘔吐。發病兩天左右口腔粘膜會出現少數灰色白色皰疹，周圍有紅暈，多發生在扁桃體前部，但軟顎、扁桃體、懸雍垂、舌部等也可能出現。
手足口病
手足口病發病時，顯示嗓子內有皰疹，隨著病情的法陣，患兒的手掌、足底、臀部都可能出現紅疹。
傳染性強弱不同
雖然皰疹性咽峽炎喝手足口病都有一定的傳染性，但兩者的傳染強弱程度有所區別：
皰疹性咽峽炎
皰疹性咽峽炎相對於手足口病的傳染性若，屬於一般性傳染病，管理級別低，非嚴重情況出現，一般來說不會採取大範圍傳染控制。
手足口病
手足口病的傳染性較輕，危害重，是法定的丙類傳染病。
當你的小孩出現手足口病時，一定要告知學校老師，並遵醫囑住院或居家隔離治療，同時做好家庭衛生，待症狀完全消失一週後再繼續去學校或幼托機構。
危害的程度不同
皰疹性咽峽炎和手足口病都能夠自愈，但：
皰疹性咽峽炎
皰疹性咽峽炎一般在4-6天即可痊癒，雖然可能合併細菌感染，但並不會出現腦炎等併發症在，更難出現重症情況，一般無生命危險。
手足口病
手足口病一般在7-10方可痊癒，手足口病可能併發無菌性腦膜炎、腦炎、急性弛緩性麻痺、呼吸道感染和心肌炎等，個別重症患兒病情進展快，易發生死亡。
傳播途徑不同
皰疹性咽峽炎和手足口病都具有傳染性，但傳播方式有一定的區別：
皰疹性咽峽炎
皰疹性咽峽炎主要透過糞-口和呼吸道傳播，可透過直接接觸、呼吸道、食用生冷食物等方式感染。也可間接經汙染的手、食品、衣服、用具等傳播。
手足口病
手足口病主要透過呼吸道、消化道接觸傳播，可透過唾液、皰疹液、糞便等汙染的手、毛巾、手絹、牙杯、玩具、食具、奶具以及床上用品、內衣等引起間接接觸傳播。
皰疹性咽峽炎和手足口病如何簡單區分
皰疹性咽峽炎和手足口病雖然有諸多不同點，但臨床上最為簡單的區別就是，皰疹性咽峽炎只會發生在口腔內，而手足口病除了發生在口腔，還會在手腳心，臀部、甚至軀幹、四肢
出現皮疹。
皰疹性咽峽炎和手足口病如何護理
多喝水
皰疹性咽峽炎和手足口病都屬於自限性疾病，一般情況下，患兒要多喝水，保證充足的睡眠即可自愈。
減輕疼痛
如果有口腔潰瘍引起疼痛，難以進食時，可考慮使用口腔潰瘍的藥物減輕疼痛。
緩解發燒症狀
皰疹性咽峽炎和手足口病都會出現發燒的症狀，一般情況下可以採取物理降溫的方法，但當體溫升高至40℃時，一定要及時就醫治療。
