1.繼發性肝癌:肝臟為轉移性癌腫的好發器官,臨床上較為常見。然繼發性肝癌症狀較輕,發展較慢,除肝臟癌變的症狀之外,有原發癌灶的相應症狀。其次,繼發性肝癌多數呈結節型而很少有巨塊型。甲胎蛋白試驗在原發性肝癌大部分為陽性,而在繼發性肝癌幾乎皆為陰性。
2.肝硬化:原發性肝癌常在肝硬化的基礎上發生,故肝癌與肝硬化的鑑別常有困難。鑑別的方法,在於詳細的臨床觀察並配合一定的實驗室檢查。
3.肝膿腫:除較少的細菌性肝膿腫外,多為阿米巴性肝膿腫,其臨床表現及某些實驗室檢查結果與原發性肝癌非常相似。以超聲波檢查或肝穿刺以資鑑別。
4.其他肝臟良性腫瘤,血管瘤,肝包囊蟲病,膽囊癌,胰腺癌等,有時也可能與原發性肝癌相混淆,應注意鑑別。