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二者植物来源不同
白附子：为天南星科植物独角莲的干燥块茎，主产于河南、甘肃、湖北等地。
黑附子：为毛莨科植物乌头的子根的加工品，主产于四川等地。黑附子又习惯称为“附子”。
二者药用成分不同
白附子主要成分：主要含粘液质、草酸钙、蔗糖、皂计、谷出醇、谷岿醇—D—葡萄糖昔、肌醇以及胆碱、尿嘧啶等。
黑附子主要陈飞：附子成分类似于川乌，主要含有多种生物碱，有乌头碱、异乌头碱、次乌头碱、中乌头碱、川乌头碱、川乌碱、附子灵、北乌碱等。
二者功效作用不同
白附子辛、温，有毒，归胃、肝二经，具有祛风痰、定惊搐、止痛、解毒散结的功效。
黑附子辛、甘、大热，有毒。归心、肾、脾经，具有回阳救逆，补火助阳，散寒止痛的功效。
二者毒性作用不同
白附子全株均有毒，又以块茎的毒件最大，皂昔为其主要毒性成分。生品的中毒量为1.5g-4.5g/d。白附子对皮肤粘膜有强烈的刺激性，对中枢神经系统有抑制、麻痹作用。中毒后可表现为口舌发麻，四肢及全身紧束感，全身大汗，口渴舌干，心慌，躁动不安，后可出现诣语，呕吐，腹泻，额面青紫，终至呼吸、循环衰竭而死亡。
黑附子的毒性反应主要由乌头碱类生物碱所引起，乌头碱的致死量为3-4mg，成人口服乌头碱0.2mg即可出现中毒反应。黑附子中毒事件较为常见，附子中毒主要表现为神经系统、消化系统、心血管系统的毒性反应，严重者可致人死亡。
二者使用禁忌不同
白附子：阴虚血虚动风或者热盛动风者不宜使用，孕妇禁止使用，白附子生品不宜内服。
黑附子：孕妇禁止使用，黑附子不能和半夏、瓜蒌、贝母、白蔹。白芨等同时使用。黑附子内服需要通过炮制加工降低毒性方可使用。
